Zur Durchführung sieht das Gesetz drei Möglichkeiten vor:

::: Das Unternehmen wertet seine steuerlichen Daten eigenständig aus und übersendet sie dann dem Betriebsprüfer. Dabei hat sich das Unternehmen stets an den Vorgaben des Prüfers zu orientieren.

::: Das Unternehmen wird zur Herausgabe der gespeicherten Unterlagen auf einem Datenträger (z. B. einer CD-ROM) aufgefordert.

::: Der Betriebsprüfer nimmt selbst Einblick in das EDV-System des Unternehmens und analysiert die Daten an Ort und Stelle.

Auf welche Weise vorgegangen wird, kann der Prüfer selbst bestimmen.

Er darf auf Daten der Finanzbuchhaltung, der Anlagenbuchhaltung und der Lohnbuchhaltung Zugriff nehmen. Auch die damit zusammenhängenden Aufzeichnungen, Jahresabschlüsse und Buchungsbelege sind von der Prüfung umfasst, soweit sie elektronisch aufgezeichnet sind. Letztendlich ist entscheidend, ob den Dokumenten in irgendeiner Form steuerliche Bedeutung zukommt. Dies wird bei internen Stellungnahmen, Unterlagen zur Unternehmensführung sowie Schriftverkehr, der nur mittelbar mit den steuerlichen Unterlagen zusammenhängt, regelmäßig zu verneinen sein.

Für den Fall, dass der Zugang zu den geforderten Daten verweigert wird, kann das Finanzamt Zwangsmittel, insbesondere ein Zwangsgeld von bis zu 25.000 Euro, festsetzen. Dies ist jedoch nur selten der Fall. Üblicherweise wird von der Möglichkeit Gebrauch gemacht, die Besteuerungsgrundlagen zu schätzen, meist zum Nachteil des Betroffenen.

Die Unternehmen sind bis zu 10 Jahre verpflichtet, ihre Steuerunterlagen aufzubewahren.

Dies betrifft auch e-Mails. Zur Vermeidung eines unverhältnismäßigen Aufwands können diese für die Dauer der Frist jedoch auch ausgedruckt und abgelegt werden. Probleme können vor allem dann entstehen, wenn ältere Daten nicht mit einer neuen Software kompatibel sind oder das Betriebssystem gewechselt wird. In diesem Fall müssen die Altdaten weiterhin “lesbar” bleiben, also beispielsweise auf Datenträger kopiert werden.

Durch die dem Finanzamt zur Verfügung stehende Datenverwaltungs-Software lassen sich wesentlich umfangreichere und detailliertere Prüfungen vornehmen als mit herkömmlichen Mitteln.

Dabei muss jedes Unternehmen sorgfältig darauf achten, dem Prüfer keinen allzu tiefen Einblick in das eigene System zu gewähren. Die Unternehmen sind selbst dafür verantwortlich, pikante Daten, vor allem Betriebsgeheimnisse, vor dem Einblick der Finanzbehörden zu schützen. Ansonsten besteht die Gefahr, dass Prüfer über den direkten Zugriff diese Daten einsehen können, mit gravierenden Folgen.